Awal mula keberadaan Pusat Pelatihan Manajemen dan Kepemimpinan Pertanian (PPMKP) Ciawi tidak lepas dari adanya Akademi Biologi yang berlokasi di Desa Bendungan, Kecamatan Ciawi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Akademi ini didirikan pada tahun 1956. Peletakan batu pertama pembangunannya dilakukan oleh Sekretaris Jenderal Kementerian Pertanian, Ir. Gunung Iskandar pada tanggal 10 Maret 1956. Pada tanggal 16 Maret 1957, Akademi Biologi yang memiliki luas areal 16,8 ha digabung dengan Kursus Akademi Penyelidikan Pertanian dan Kursus Biologi Perikanan Laut menjadi Akademi Kementerian Pertanian (AKP) di bawah pimpinan Prof. Dr. Ir. Koesnoto. Penggabungan ini bertujuan membentuk lembaga pendidikan yang mendidik tenaga semi akademis untuk mengisi kekosongan tenaga-tenaga ahli di lembaga-lembaga penelitian yang sebelumnya diisi oleh para ahli yang berasal dari luar negeri. Dengan adanya reorganisasi Kabinet Republik Indonesia, kelembagaan AKP kemudian berubah menjadi Akademi Departemen Pertanian (ADP) pada tahun 1960 dan dipimpin oleh Ir. Sadikin Soeminta Wikarta.
Dua tahun kemudian, berdasarkan Pola Pembangunan Semesta Nasional Berencana, ADP berubah lagi menjadi Akademi Pertanian (AP) yang dipimpin oleh Ir. Soepartono. Kemudian berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian No. Kep.6/8/1966 tanggal 31 Agustus 1966, AP menghentikan penerimaan mahasiswa baru setelah mendidik 10 angkatan dengan jumlah 411 orang lulusan sarjana muda pertanian.
Pada bulan Agustus 1968 Akademi Pertanian diubah menjadi Lembaga Pendidikan Pegawai Pertanian (LPPP) dengan sebutan Lembaga Pendidikan Upgrading Penjenjangan Kader Pertanian (LPUPKP) yang dipimpin oleh drh. Napitupulu hingga tahun 1970. Pada periode tahun 1970-1975 lembaga ini kembali mengalami perubahan menjadi Lembaga Pendidikan dan Latihan Departemen Pertanian (LPL Deptan) yang dipimpin oleh Ir. Abdurachim Martawijaya.
Seiring dengan perjalanan waktu, lembaga ini pun terus mengalami perubahan. Pada tahun 1975, LPL Deptan diubah menjadi Institut Pendidikan Latihan dan Penyuluhan Pertanian (IPLPP). H. Moh. Tjoehaja Soeriatmadja ditunjuk untuk memimpin lembaga ini hingga tahun 1984. Sejak tahun 1984, secara resmi IPLPP berubah menjadi Balai Penataran dan Latihan Pegawai Pertanian (BPLPP) di bawah pimpinan Dr. Ir. Ade Djuhara, MA, M.Sc. Hanya dua tahun berselang, BPLPP kemudian mengalami pengembangan menjadi empat Unit Pelaksana Teknis (UPT), yaitu: a. Balai Penataran dan Latihan Pertanian (BPLP) dipimpin oleh Ir. Moh. Anas Rasyid, M.Ed. b. Balai Latihan Pegawai Pertanian (BLPP) dipimpin oleh Ir. Budiharti, M.Sc. c. Balai Pendidikan dan Pelatihan Fungsional Pertanian (BPPFP) dipimpin oleh Drs. Dan Sudansyah, M.Ed. d. Balai Metodologi Informasi Pertanian (BMIP) dipimpin oleh Ir. Sukandal, M.Sc.
Berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian Nomor: 526/Kpts/OT.210/11/2000, keempat UPT tersebut digabungkan kembali menjadi Pusat Manajemen Pengembangan Sumberdaya Manusia Pertanian (PMPSDMP) di bawah pimpinan Ir. Deddy E. Rivai, MM. Lembaga ini kemudian berubah menjadi Pusat Pelatihan Manajemen dan Kepemimpinan Pertanian (PPMKP) atas dasar Peraturan Menteri Pertanian No. 14/Permentan/OT.140/2007, pada tanggal 19 Februari 2007. Lembaga baru ini ditetapkan sebagai UPT di bidang pelatihan pertanian yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada kepala Badan Penyuluhan dan Pengembangan Sumberdaya Manusia Pertanian (BPPSDMP) yang secara teknis dibina oleh kepala Pusat Pelatihan Pertanian.
Pada tahun 2013 PPMKP mengalami perubahan organisasi. Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian No. 100/Permentan/OT.140/10/2013, struktur organisasi PPMKP mengalami perampingan. Satu jabatan eselon III yang membidangi pelatihan multimedia dan dua jabatan eselon IV di bawahnya dilebur. Sejak dibentuk hingga 26 Nopember 2010, PPMKP dipimpin oleh Dr. Ir. Drs. Muh. Nasir Nane, MP. Estafet kepemimpinannya kemudian dilanjutkan oleh Ir. Kemal Mahfud, MM hingga Januari 2014 . Tampuk pimpinan PPMKP selanjutnya dipegang oleh Dr. Ir. Edi Abdurachman, MS., M.Sc sampai dengan bulan Mei 2015.
Setelah melalui proses seleksi terbuka untuk jabatan Pimpinan Tinggi Pratama, terpilihlah Dr. Ir. Widi Hardjono, M.Sc menjadi Kepala PPMKP menggantikan Dr. Ir. Edi Abdurachman, MS., M.Sc berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian Republik Indonesia Nomor: 466/Kpts/KP.230/7/2015. Saat ini Tongkat Estafet Kepemimpinan PPMKP dilanjutkan oleh Ir. Heri Suliyanto, MBA sesuai dengan Keputusan Menteri Pertanian Republik Indonesia, Nomor : 174/Kpts/KP. 230/3/2016.
Berdasarkan keputusan Menteri Pertanian Nomor 348/KPTS/KP.230/M/6/2020 melalui seleksi terbuka Jabatan Pimpinan Tinggi Pratama mengangkat Ir. Yusral Tahir, M.Agr sebagai Kepala Pusat Pelatihan Manajemen dan Kepemimpinan Pertanian.
Berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian Republik Indonesia Nomor : 167/Kpts/KP.230/ M/04/2023 Pusat Pelatihan Manajemen dan Kepemimpinan Pertanian Ciawi berubah menjadi Balai Besar Pelatihan Manajemen dan Kepemimpinan Pertanian pada tanggal 14 April 2023 dibawah pimpinan Ir. Yusral Tahir, M.Agr.